โดยรวมแล้วความรู้สึกของผู้ป่วยในระหว่างการถอนฟันและผ่าฟันคุดอาจไม่ได้มีความแตกต่างกันมากนัก ยกเว้นสภาพแวดล้อมของการทำหัตถการที่อาจมีเสียงดังเพิ่มมากขึ้น ซึ่งทันตแพทย์ที่มีประสบการณ์จะสามารถทำให้หัตถการที่ดูยากผ่านไปได้อย่างรวดเร็ว และลดความรู้สึกไม่สบายในระหว่างการทำหัตถการได้ ผู้ป่วยหลายคนจะกังวลว่าผ่าฟันคุดเจ็บไหม ด้วยหัตถการที่มีการฉีดยาชา ต้องบอกว่าผู้ป่วยจะไม่รู้สึกเจ็บ แต่จะเป็นความรู้สึกกด ตึง แน่นเวลาทำหัตถการ (ยกเว้นในกรณีที่ฟันใกล้เส้นประสาทมาก หรือมีการติดเชื้อ) โดยอาการเจ็บหลังถอน หรือผ่าฟันคุด เป็นเรื่องที่เกิดขึ้นได้ แต่อยู่ที่ว่าในระหว่างหัตถการมีการบาดเจ็บมากเพียงใด ซึ่งอาการเจ็บหลังการรักษา สามารถบรรเทาได้ด้วยยาแก้ปวด

ไม่ว่าฟันซี่ดังกล่าวจะได้รับการรักษาด้วยการถอนฟัน หรือผ่าฟันคุด ก็ย่อมมีความเสี่ยงของการทำหัตถการ ซึ่งหัตถการดังกล่าวย่อมทำให้เกิดความบาดเจ็บไม่มากก็น้อยของเนื้อเยื่อและกระดูกโดยรอบ ซึ่งอาจจะตามมาด้วยอาการปวด บวม มีเลือดไหล หรืออาจจะถึงขนาดมีการติดเชื้อได้ โดยตามหลักแล้วการผ่าฟันคุดที่มีการบาดเจ็บของเนื้อเยื่อโดยรอบที่มากกว่าย่อมทำให้เกิดผลข้างเคียงที่มากกว่าเช่นกัน ไม่นับรวมความสัมพันธ์ของฟันกับอวัยวะสำคัญโดยรอบเช่นฟันข้างเคียง โพรงอากาศข้างจมูกในฟันบน เส้นประสาทรับความรู้สึกในขากรรไกรล่าง  แต่ทันตแพทย์ผู้เชี่ยวชาญที่สามารถประเมินความเสี่ยงได้ดี และให้การรักษาได้อย่างรวดเร็วและมีประสิทธิภาพจะทำให้การบาดเจ็บหลังการรักษาน้อยลงและเป็นการลดผลข้างเคียงจากการรักษา